藏青会的最高权力机构是每三年召集一次的全体代表大会(General Body Meeting,简称GBM)。只有GBM有权选举藏青会的执行机构,即中央执行委员会(Central Executive Committee,简称Centrex)。所有分会的会长和秘书长自动成为GBM的成员,除此之外,为了避免领导层专权,各分会的每50名普通成员有权推选一位代表参加GBM。由于经费或者其他原因,普通成员代表不一定能够做到每50名中有一人参加全体代表大会。但通常会根据自己的具体情况,推选一定数目的代表参加。